Durch eine Injektion werden die abgetöteten Erreger in den Muskel gespritzt, was eine Bildung von spezifischen Antikörpern gegen das Virus auslöst. Die Antikörper schützen den Organismus bei einer späteren Infektion mit dem „echten“ Virus. Da der Körper selbst aktiv werden muss, um einen Schutz aufzubauen, spricht man auch von einer aktiven Immunisierung.
Der FSME-Impfschutz hält einige Jahre an, dann muss er aufgefrischt werden. Für den ersten vollständigen Schutz – die sogenannte Grundimmunisierung – wird dreimal innerhalb eines Jahres geimpft. Sollte kurzfristig ein Impfschutz erforderlich sein, zum Beispiel wenn der Betroffene in ein Risikogebiet reist, kann auch dreimal innerhalb von drei Wochen geimpft werden.